Gillian se během natáčení první série seznámila s výtvarníkem Clydem Clotzem a po čtyřech měsících známosti se za něj provdala na Hawaii. Krátký čas nato zjistila , že je těhotná. Když se v únoru (1994) dověděla o svém těhotenství, byla to kombinace holého faktu a požehnání.

„Byla to báječná zpráva, ale vyděsila mnoho lidí. Mě také. Seriál se dobře rozbíhal, ale byl stále velmi mladý a mohl se ubírat různými směry. Všechno mohlo tak trochu mojí vinou ztroskotat. Bylo to těžké dát ostatním najevo, jak jsem se rozhodla, ale také pro ně, zda nemají obsadit roli někým jiným.“ Znepokojená vyhlídkou na možné přeobsazení své role se s touto novinou nejprve svěřila Duchovnymu, a pak režisérovi a producentovi Chrisu Carterovi. Rozhodnutí padlo okamžitě - podřídit natáčení jejímu těhotenství. Trvalo další měsíce, než prozradila štábu a tisku pravdu o svém stavu. Omezení účasti Andersonové na natáčení přineslo nemalé problémy. Nezbytnost zakrýt známky těhotenství a její odepsání na několik epizod vedla k některým nejvíce paranoidním příběhům: uzavření projektu Akta-X, její únos, role pokusného králíka ve vládním experimentu s mimozemskou DNA. „Autoři se snažili co nejvíce se přizpůsobit situaci a to také vedlo k tomu, že jsem se vrátila.“ Rozhodnutí Andersonové pracovat až do posledního týdne před plánovaným porodem vyvolalo u jejích spolupracovníků obdiv. Logistika filmování byla spíš strádáním pro režiséry a jejich asistenty, kteří museli vypočítat, z jakého úhlu ji budou snímat, aby zakryli fyzické změny. Andersonová přiznává, že přibývající měsíce pro ni byly čím dál tím větším utrpením. „Otékaly mi nohy, cítila jsem se vyčerpaně, usínala jsem mezi jednotlivými scénami.“ Vzpomíná, jak jí členové štábu přinášeli bedničky od jablek, aby si měla kam sednout. „Spíš to vypadalo, jako by byl těhotný celý štáb. Tak byli pozorní a ohleduplní.“ Dcera Andersonové, Piper, se narodil v srpnu 1994. Přišla na svět císařským řezem, který nikdo nepředpokládal, a který vyžadoval, aby herečka strávila v nemocnici šest dnů navíc. Čtyři dny poté už natáčela scény pro epizodu Jedním dechem. „Byly to pro mě těžké chvíle,“ svěřuje se Andersonová,„ protože jakočerstvá matka, a chcete nebo ne, neustále se zabýváte otázkou, co právě v tuhle chvíli dělá vaše dítě. Byla to nesnesitelná psychická zátěž, ale věděla jsem,že lidem, kteří mě podrželi, něco dlužím, a proto musím pokračovat dál.“ Nyní má Andersonová dvojnici, která provádí fyzicky náročnější scény.„Jakkoli bych chtěla, moje tělo ještě není úplně v pořádku. Vše je stále trochu nevyrovnané. I když jen chodím po schodech, bolí mě kolena. Naštěstí po mě nechtějí příliš namáhavé věci“.